Liên Khui Thìn sinh năm 1952 tại thị trấn Ninh Hòa, tỉnh Khánh Hòa. Ông lớn lên và theo học hết bậc trung học tại Nha Trang. Năm 1971, sau khi đỗ tú tài toàn phần, ông vào Sài Gòn, ghi danh học tại Đại học Khoa học Sài Gòn. Ông từng tham gia phong trào sinh viên đấu tranh chống Mỹ, Thiệu và là Phó chủ tịch Tổng hội sinh viên miền Trung.

Tháng 5/1975, Liên Khui Thìn về công tác tại Thành đoàn, là Trưởng phòng Khoa học kỹ thuật Nhà Văn hóa thanh niên TP HCM.

Năm 1982, Tổ hợp sản xuất, chế biến mực xuất khẩu của Liên Khui Thìn ra đời, văn phòng đặt tại số 1 đường Nguyễn Thượng Hiền, quận 3, thuê lại của Công an quận 3. Để nắm vững đầu vào, Liên Khui Thìn tổ chức một mạng lưới thu mua mực tươi, không chỉ ở Khánh Hòa, mà vươn ra đến tận Tuy Hòa, Bình Định, Quảng Ngãi, Quảng Nam, kéo dài xuống Phan Thiết, Kiên Giang.

Năm 1985, Tổ hợp sản xuất, chế biến mực xuất khẩu trở thành Xí nghiệp Sản xuất, chế biến hàng nông, hải sản quận 3, và Liên Khui Thìn vẫn là giám đốc. Đến năm 1992, Xí nghiệp sản xuất, chế biến hàng nông hải sản quận 3 trở thành Công ty TNHH sản xuất, thương mại, dịch vụ xuất khẩu quận 3 (gọi tắt là Epco).